维吉尔只是你前往旧联邦理工废墟，看你能不能使用哔哔小子来追踪猎者的讯号。
理工废墟就在剑桥警察局与后巷服饰店之间，从任意一地出发都可以。来到废墟上打开广播接收追猎者讯号，留意提示音的频繁度，越频繁就代表越靠近目标，并且留意屏幕左上角与目标之间的信号强度百分比。
最终信号会将你引领到格林科技基因研究院。
内进研究院，就会发现这里的掠夺者与追猎者爆发冲突，从大楼内环绕的走廊都能找到楼梯往上层跑去，沿路需要消灭大批的掠夺者。
在三层东面的控制室内可以找到三颗破片地雷，留待之后与追猎者大战之用。
通过塌下来的房顶往上层走去，去到红色墙体的房间内，操作接待台的电脑可以调整另一边房间的灯光以及炮塔。
而进入到右侧的仓库内，会发现第二胎终端机，破解它可以打开保险柜的门。
这时候才穿过南面的门，这时候要只需要面对三名掠夺者。
此时来到一个黑暗的机房内，破解中间的终端机内进铁笼可以获得核融合核心。
然后继续往前推进，走上楼梯就可以看见一名叫作Z2-47的追猎者正与其追捕的合成年人对话，刚走出楼道时，往楼梯口扔出去三颗破片地雷，然后往楼梯后退，拿出镭射散弹枪迎战，只要他踩中三颗地雷，只要再轰3枪他就毙命。
然后从Z2-47的尸体取出晶片。
另外有一名女性合成年人K1被囚禁着，破解左手边的终端机打开闸门就可以解救她。
然后搭乘左侧的电梯回到大楼中庭继而离开研究院。
主线任务：分子世界
你获得了追踪者镜片，但不知道该怎么解码，阿马利博士知道很多合成年人技术，你应该向她寻求协助。
前往芳邻镇的记忆存取库，这时候在店内就能够找到阿马利博士，她表示自己并没有能力解决，她提议你去找她的神秘伙伴——铁路，这帮人是自由记者派普曾经提及的神秘组织。
前往波士顿公园跟随着地面的红色街砖或血迹就可以去到北面的老北教堂，内进到教堂内就可以找到铁路组织（这一步骤的内容涉及到流程任务“通往自由”）。
你已经获得追踪者晶片里面所需要的资讯，现在得回去发光海的岩洞找维吉尔。
维吉尔没想到铁路组织那帮怪咖居然能解密，但重点是他已经为你制作出传送装置的设计图，但你需要找人帮你一同完成这个庞大的工程。
这时候你可以选择和铁路组织、义勇兵或者是钢铁兄弟会合作。
笔者选择了与义勇兵合作，返回到庇护山丘，将你为了救儿子而要闯入学院的计划告知普雷斯敦，他同意全力协助你。
先去找义勇兵的工程师斯特吉，他需要研究一下维吉尔的设计蓝图，而你就负责建设。
使用工坊，走到街道上（空地位置比较多的地方），在特殊项目当中建设稳定反射平台，然后与斯特吉对话，他会让你建设余下的部分。
再打开工坊的特殊项目建设控制台、转送天线、分子束发射器（这必须要安装在稳定发射平台上）。
然后架设多台发电量超30的发电机，将电线都先连接在分子束发射器上，然后从分子束发射器顶部发光体拉出电线并连接在转送天线和控制台上。
随后你认为自己已经准备后，就站在稳定反射装置上，斯特吉就会寻找信号，然后启动传送装置将你传送至学院。